12月10日16点，2016赛季亚冠联赛分组抽签仪式，在亚足联总部马来西亚首都吉隆坡举行。经过抽签，亚冠卫冕冠军、中超5冠王广州恒大淘宝与悉尼FC分在H组，另外两支球队尚未产生；中国足协杯冠军江苏国信舜天与全北现代、平阳贝卡麦克斯同分在E组，另外一支球队将从资格赛中产生。中超亚军上海上港、季军山东鲁能泰山若从资格赛突围，将被分在G组和F组。
根据2014年1月25日亚足联竞赛委员会提出的方案，各成员足球协会将依照该国国家队，以及俱乐部在过去四年亚足联赛事表现的综合评分来决定他们等级排名，2014年作出等级排名将会作为2015年以及2016年亚足联俱乐部赛事名额分配依据。亚足联将会按照2014年等级排名以及参赛许可标准确定2015年以及2016年亚足联冠军联赛名额分配。
亚足联排名前24位成员足球协会，只要通过亚足联冠军联赛参赛许可，将有权利获得亚足联冠军联赛参赛资格。中国的中超联赛排在东亚区第4名，将获得两个小组赛名额以及两个附加赛（一个第三轮、一个第二轮）名额，即所谓的“2+2”或“2+1+1”。
2016赛季亚冠联赛分组规则与2015赛季完全相同，说是抽签，更确切的说是“摆签”，因为亚足联设置了“同国球会在小组赛中不能相遇”、“强队保护原则”等一系列原则。
经过抽签，韩国K联赛冠军、中国足协杯冠军、越甲冠军以及资格赛球队分在E组，日本J联赛冠军、韩国足协杯冠军、泰超冠军以及资格赛球队分在F组，澳超常规赛冠军、日本天皇杯冠军、韩国K联赛亚军以及资格赛球队分在G组，中超冠军、澳超季候赛冠军、日本第3顺位球队以及资格赛球队分在H组。
H组的日本球队，即日本第3顺位的情况稍微复杂一些。由于日本天皇杯只进行到8强阶段，J联赛冠亚季军广岛三箭、大阪钢巴、浦和红宝石都在其中。广岛三箭和大阪钢巴已经稳获正赛资格，但如果两队中的任何一队夺得天皇杯，那么大阪钢巴将成为日本第2顺位球队，将进入到G组，浦和红宝石将与广州恒大淘宝同处H组。若非广岛三箭和大阪钢巴夺得天皇杯冠军，那么大阪钢巴将与广州恒大淘宝同处H组。
具体情况为，
E组：全北现代、江苏国信舜天、平阳贝卡麦克斯、资格赛球队E2；
F组：广岛三箭、首尔FC、武里南联、资格赛球队E3；
G组：墨尔本胜利、日本天皇杯冠军、水原三星、资格赛球队E4；
H组：广州恒大淘宝、悉尼FC、大阪钢巴/浦和红宝石、资格赛球队E1。
2016赛季亚冠小组赛将在明年2月23日至5月4日进行，1/8决赛两回合时间为5月17/18/24/25日，1/4决赛两回合时间为9月13/14/20/21日，半决赛两回合时间为10月18/19/25/26日，决赛两回合时间为11月19/26日。此外，在小组赛开战之前，东亚区还有3轮资格赛进行，时间分别为1月27日、2月2日、2月9日，中超季军山东鲁能泰山将从资格赛第2轮打起，中超亚军上海上港将从资格赛第3轮打起。
若山东鲁能泰山连闯两关，将以“资格赛球队E3”的身份与广岛三箭、首尔FC、武里南联同分在F组；若上海上港在附加赛中（资格赛第3轮）胜出，将以“资格赛球队E4”的身份与墨尔本胜利、日本天皇杯冠军、水原三星同分在G组。
西亚区的分组情况为：
A组：利雅得胜利、迪拜胜利、塔什干火车头、资格赛球队W2
B组：塞帕罕、利雅得新月、莱赫维亚、资格赛球队W3
C组：塔什干棉农、佐帕罕、吉达国民、资格赛球队W4
D组：艾因、纳萨夫、大不里士拖拉机、资格赛球队W1
