北京时间12月12日20点，欧罗巴联赛1/16决赛的对阵抽签仪式在瑞士尼翁进行，曼联遭遇圣埃蒂安，比利亚雷亚尔对决罗马，托特纳姆热刺碰上根特，门兴抗衡佛罗伦萨。
根据欧足联的规则，16支种子队（欧联小组赛的12个头名以及成绩较好的4个欧冠小组赛第三名）将与16支非种子队（欧联小组赛12个第二名以及成绩较差的4个欧冠小组赛第三名）捉对厮杀，小组赛同组的球队不会相遇，且来自同一国家协会的球队不会相遇。
16支种子队分别是阿贾克斯、希腊人竞技、贝西克塔斯、费内巴切、佛罗伦萨、根克、哥本哈根、里昂、奥斯曼勒体育、罗马、沙尔克04、顿涅斯克矿工、布拉格斯巴达、圣埃蒂安、托特纳姆热刺以及圣彼得堡泽尼特。16支非种子队则是安德莱赫特、久尔久、毕尔巴鄂竞技、阿尔克马尔、门兴格拉德巴赫、塞尔塔维戈、根特、贝尔谢瓦工人、克拉斯诺达尔、华沙莱吉亚、卢多戈雷茨、曼联、奥林匹亚科斯、塞萨洛尼基、罗斯托夫、比利亚雷亚尔。
揭开抽签仪式帷幕的仍是欧足联联络及媒体主管佩德罗-平托，负责抽签的则是欧足联副秘书长马尔凯蒂以及欧联本赛季的形象大使帕特里克-安德森，在接受采访时，安德森祝福了老东家门兴，同时认为顿涅斯克矿工具备冲击桂冠的实力。
种子队将在1/16决赛先客后主，两回合比赛安排在2017年2月16日及2月23日进行。1/8决赛的抽签安排在2017年2月24日进行，地点仍是瑞士尼翁。两回合的1/8决赛比赛将于2017年3月9日及16日进行。
抽签结果：
毕尔巴鄂竞技VS希腊人竞技
华沙莱吉亚VS阿贾克斯
安德莱赫特VS圣彼得堡泽尼特
久尔久之星VS根克
曼联VS圣埃蒂安
比利亚雷亚尔VS罗马
卢多戈雷茨VS哥本哈根
塞尔塔VS顿涅斯克矿工
奥林匹亚科斯VS奥斯曼勒体育
根特VS托特纳姆热刺
罗斯托夫VS布拉格斯巴达
克拉斯诺达尔VS费内巴切
门兴格拉德巴赫VS佛罗伦萨
阿尔克马尔VS里昂
贝尔谢瓦工人VS贝西克塔斯
塞萨洛尼基VS沙尔克04
